Linux Mint vychází z Ubuntu a obě distribuce mají mnoho společného. Obě distribuce používají stejné softwarové repozitáře. Například verze 2.2 ("Bianca") používá balíčkové fondy Ubuntu "Edgy Eft" (6.10). Většina balíčků je v obou distribucích stejná a oba systémy se chovají téměř identicky.
Většina rozdílů je na ploše. Ubuntu i Linux Mint se zaměřují na použitelnost, ale Linux Mint nabízí odlišné uživatelské prostředí a obsahuje řadu aplikací, které v Ubuntu nejsou k dispozici (viz výše zmíněné Mint Tools).
V Linux Mintu je ve výchozím nastavení nainstalováno mnoho populárních multimediálních kodeků. Ubuntu a mnoho dalších bezplatných distribucí GNU/Linuxu tyto kodeky nedistribuuje spolu s počátečním instalačním médiem z důvodu patentového zatížení.
Ubuntu má mnohem větší komunitu podpory než Linux Mint. Většina nápovědy a rad pro Ubuntu je však použitelná i pro Linux Mint. Ubuntu podporuje více jazyků z Live CD a je vybaveno lepší lokalizací. []