Vodík má tři hlavní izotopy: protium (1H), deuterium (2H) a tritium (3H). Tyto izotopy vznikají přirozeně v přírodě. Protium a deuterium jsou stabilní. Tritium je radioaktivní a má poločas rozpadu přibližně 12 let. Vědci vytvořili čtyři další izotopy vodíku (4H to7 H), ale tyto izotopy jsou velmi nestabilní a v přírodě se nevyskytují.

Hlavní izotopy vodíku jsou jedinečné, protože jako jediné mají své jméno. Tyto názvy se používají dodnes. Deuterium a tritium někdy dostávají vlastní symboly D a T. Mezinárodní unii čisté a aplikované chemie se však tyto názvy příliš nelíbí, přestože se často používají. Existují i další izotopy, které měly při studiu radioaktivity vědci své vlastní názvy. Jejich názvy se však dnes již nepoužívají.