Hydrogenosom je membránou uzavřená organela některých anaerobních řasinek, trichomonád, hub a několika metazoí. Hydrogenosomy trichomonád (nejlépe prozkoumané) produkují ATP pomocí složitého metabolického cyklu. Na rozdíl od mitochondrií tento cyklus nevyužívá kyslík. Předpokládá se, že hydrogenosomy se vyvinuly z mitochondrií; jejich struktura je dosti podobná.
V roce 2010 vědci oznámili objev prvních známých anaerobních metazoí s organelami podobnými hydrogenosomům. Jednalo se o organismy rodu Loricifera žijící v sedimentech pod hlubokovodními solnými jezírky, jako je například povodí L'Atalante. Tyto solanky jsou zcela bez kyslíku (anoxické).
