Fudžita se narodil v roce 1869 v provincii Awa (Tokušima).
V roce 1895 absolvoval studium čínštiny na univerzitě svobodných umění v Tokiu.
Poté vyučoval dějiny čínské literatury na univerzitách Waseda, Toyo a dalších.
V roce 1896 spolu s Oyanagim Shigetou a dalšími založil Dongya Xueyuan (東亞學院, East Asia College). Fujita také založil časopis "Jiangsu Wenxue"《江湖文學》(Jiangsu Literature).
V roce 1897 navštívil Šanghaj.
V roce 1898 se spolu s Luo Zhenyuem podílel na založení Dongwen Xueshe (東文學社, Společnost východoasijské literatury).
Po roce 1904 požádal Cen Chunxuan (岑春煊) guvernéra Guangxi a Guangdongu Fujitu o pomoc se vzděláváním.
V roce 1905 se také podílel na založení střední školy v Su-čou (江苏师范学堂). Pozval více než 10 učitelů z Japonska. Dynastie Čching mu poté udělila medaili. V roce 1909 se Fudžita stal profesorem na prestižní Pekingské univerzitě.
V roce 1912 se Japonsko vrátilo do Japonska. Žil v Tokiu a zkoumal historii vzájemných vztahů mezi Východem a Západem. V roce 1920 získal doktorát z literatury.
V roce 1923 byl profesorem na univerzitě Waseda. Přednášel dějiny námořní dopravy mezi Východem a Západem a dějiny západních oblastí (Čína, Si-jü, dnešní Sin-ťiang).
V roce 1925 se stal profesorem na císařské Tokijské univerzitě a prvním přednášejícím dějin východní Asie.
V roce 1928 se stal profesorem a ministrem kultury a politiky na Tchaj-pejské císařské univerzitě (臺北帝國大學). V květnu 1929 se vrátil do Tokia, aby opět přednesl přednášku o historii Xiyu. V červenci však zemřel na selhání ledvin.
