L'Enfant označil kopec vybraný jako místo budoucího Kongresového domu jako "Jenkins Hill" nebo "Jenkins Heights". Pozemek však dlouhá léta patřil rodině Carrollů a v jejich vlastnických záznamech byl označen jako "New Troy". Někteří lidé uváděli, že muž jménem Jenkins kdysi pásl na místě Kapitolu nějaký dobytek (a proto bylo s místem spojeno jeho jméno), umělec John Trumbull, který měl namalovat několik nástěnných maleb uvnitř rotundy Kapitolu, v roce 1791 uvedl, že místo bylo pokryto hustým lesem, což z něj činilo nepravděpodobné místo pro pastvu dobytka. Nikdo neví, kdo byl Jenkins a jak se jeho jméno spojilo s kopcem, jak uvádí L'Enfant.
Čtvrť, která se dnes nazývá Capitol Hill, se začala rozvíjet, když vláda začala pracovat na dvou místech, v Kapitolu a ve Washington Navy Yard. V letech 1799 až 1810 se z ní stala samostatná komunita, protože federální vláda se stala hlavním zaměstnavatelem. V první fázi její rané historie vznikla komunita penzionů pro členy Kongresu. V prvních letech republiky si jen málo kongresmanů přálo mít ve městě trvalé bydliště. Většina z nich dávala přednost bydlení v penzionech v docházkové vzdálenosti od Kapitolu.
V roce 1799 byla na břehu řeky Anacostia založena Washingtonská námořní loděnice, která poskytovala práci řemeslníkům, kteří stavěli a opravovali lodě. Mnoho řemeslníků, kteří byli zaměstnáni jak v Navy Yardu, tak při stavbě Kapitolu, si zvolilo bydlení v docházkové vzdálenosti, východně od Kapitolu a severně od Navy Yardu. Ti se stali původními obyvateli této čtvrti. V roce 1806 vybral prezident Thomas Jefferson místo pro námořní kasárna, která musela být v docházkové vzdálenosti od Kapitolu i Bílého domu, nedaleko washingtonské námořní loděnice. Do roku 1810 v oblasti vzkvétaly obchody, zlatnictví, kovárny a kostely.
Občanská válka vedla k další výstavbě v oblasti Capitol Hill, včetně nových nemocnic. Výstavba nových domů pokračovala i v 70. a 80. letech 19. století. Čtvrť se začala rozdělovat podle rasových a ekonomických tříd.
Elektřina, vodovod a kanalizace byly zavedeny v 90. letech 19. století a nejprve byly k dispozici v centrech distriktu Columbia, včetně Capitol Hill. V letech 1890 až 1910 došlo k rozmachu výstavby nemovitostí, protože oblast Capitol Hill se stala jednou z prvních čtvrtí s těmito moderními vymoženostmi.
V roce 1976 zařadila Národní správa parků historickou čtvrť Capitol Hill do Národního registru historických míst. Jedná se o jednu z největších historických čtvrtí ve Spojených státech. Hranice historické čtvrti jsou nepravidelné, táhnou se na jih od ulice F Street NE, na východ až ke 14. ulici, na západ až k South Capitol Street a jižní hranice je vyznačena především Virginia Avenue, ale zahrnuje i území až k ulici M Street SE. Zahrnuje budovy z federálního období (1800 až 1820) až do roku 1919, ale většina budov je pozdně viktoriánská.
Capitol Hill zůstal po celou dobu své existence poměrně stabilní čtvrtí střední třídy. V polovině 20. století prošla obdobím hospodářského úpadku a nárůstu kriminality, ale postupně se zotavila. Během takzvané "crackové epidemie" v 80. letech 20. století byly její okrajové části často postiženy. V nedávné době prošla čtvrť intenzivní gentrifikací.
