Areál opatství se rozkládá na 70 akrech (28 ha) a je obehnán 11 stop (3,4 m) vysokou zdí. Byl postaven ve 13. století. Některé jeho části jsou viditelné jižně a západně od opatství.
Oblast se skládá ze tří soustředných zón, které protíná řeka Skell, protékající napříč lokalitou od západu k východu. Kostel a jeho budovy stojí ve středu okrsku severně od řeky Skell. Jeho vnitřní dvůr obsahuje obytné budovy, které se táhnou až k řece a vnějšímu dvoru. V něm se nacházejí průmyslové a zemědělské budovy.
Původní klášterní kostel byl postaven ze dřeva a "pravděpodobně" byl dvoupatrový. Byl však rychle nahrazen kamenným. Při útoku na opatství v roce 1146 byl kostel poškozen a na stejném místě byl ve větším rozsahu znovu postaven. Stavební práce byly dokončeny kolem roku 1170. Tato stavba, dokončená kolem roku 1170, byla dlouhá 300 stop (91 m) a měla 11 polí v bočních lodích.
Pohled na opatství Fountains Abbey od západu k jihu.
Východně od latríny se nachází opatský dům, jeden z největších v celé Anglii. Jeho části jsou zavěšeny na obloucích nad řekou Skell. Byl postaven v polovině 12. století jako skromná jednopatrová stavba. Od čtrnáctého století prošla rozsáhlým rozšířením a přestavbou. V 16. století se z něj stalo velkolepé obydlí s pěknými arkýři a honosnými krby. Velký sál byl rozlehlou místností o rozměrech 52 × 21 metrů (171 × 69 stop).
Mezi dalšími byty, jejichž označení viz půdorys, byla domácí oratoř nebo kaple o rozměrech 14 ×4612 23 stop (14 × 7 m) a kuchyně o rozměrech 15 × 12 m (50 × 38 stop).