Thomas Hunt Morgan (25. září 1866 - 4. prosince 1945) byl americký genetik a embryolog. Morgan získal doktorát na Univerzitě Johnse Hopkinse v roce 1890 a během studia na Bryn Mawr College se zabýval embryologií.
Po znovuobjevení mendelovské dědičnosti v roce 1900 se Morgan zaměřil na výzkum ovocné mušky Drosophila melanogaster. V roce 1904 pozval E. B. Wilson Morgana na Kolumbijskou univerzitu. Tento krok Morganovi umožnil plně se soustředit na experimentální práci. Ve svém slavném muším pokoji na Kolumbijské univerzitě Morgan dokázal, že geny jsou neseny na chromozomech a jsou mechanickým základem dědičnosti. Tyto objevy se staly základem moderní genetiky.
V roce 1928 se Morgan přestěhoval do Kalifornie, kde vedl biologické oddělení Kalifornského technologického institutu (CalTech). Výzkum byl zaměřen na genetiku a evoluci, experimentální embryologii, fyziologii, biofyziku a biochemii.
V roce 1933 mu byla udělena Nobelova cena za fyziologii nebo lékařství. Byla to první cena udělená za genetiku, za jeho objevy týkající se role chromozomů v dědičnosti. O cenu se nepodělil s hlavním výzkumníkem laboratoře Alfredem Sturtevantem, což bylo rozhodnutí Nobelova výboru, které bylo jistě kontroverzní.
Morgan se v počátcích své práce s drozofilou zabýval asociacemi známými jako "coupling" a "repulsion", které objevili angličtí pracovníci v letech 1909 a 1910 pomocí hrachoru sladkého. Ve skutečnosti se jednalo o stejný jev, který byl později nazván vazbou. První Morganovy práce se zabývaly prokázáním pohlavní vazby genu pro bílé oči u mouchy, přičemž samci mouchy byli heterogametičtí (XY).
Během své významné kariéry Morgan napsal 22 knih a 370 vědeckých prací a díky jeho práci se drozofila stala hlavním "modelovým organismem" v genetice. Oddělení biologie, které založil na Kalifornském technologickém institutu, dalo vzniknout sedmi nositelům Nobelovy ceny.