I po přidání šikan byla bezpečnost na okruhu problémem. Jednou z největších starostí byla rychlá a rovná zatáčka Tamburello. Tamburello bylo velmi hrbolaté a mezi tratí a betonovou zdí bylo jen velmi málo místa. Zeď chránila potok, který tekl za zatáčkou. Při Velké ceněSan Marina 1987 měl v této zatáčce během tréninku nehodu Nelson Piquet. Kvůli zranění vynechal závod. Při Velké ceně San Marina 1989 havaroval Gerhard Berger se svým Ferrari v Tamburellu poté, co mu prasklo přední křídlo. Náraz byl tak těžký, že se monokok (prostor pro řidiče) rozštípl. Vůz začal hořet. Hasiči a zdravotníci se rychle pustili do práce. Díky rychlé reakci Berger přežil jen s popáleninami na rukou. Berger vynechal pouze jeden závod, Velkou cenu Monaka. V zatáčce Tamburello těžce havarovali i další jezdci, včetně Michele Alboreta a Riccarda Patreseho. Vyvázli bez vážnějších zranění.
V roce 1994 došlo v Imole ke třem vážným nehodám. Během pátečního tréninku narazil Rubens Barrichello do plotu na Variante Bassa. Byla to velmi tvrdá havárie a na několik minut upadl do bezvědomí. Během sobotní kvalifikace havaroval v zatáčce Villeneuve Rakušan Roland Ratzenberger. Téměř čelně narazil do betonové bariérové stěny a utrpěl velmi vážné zranění hlavy. Byl převezen do nemocnice, ale na následky zranění zemřel. V nedělním závodě narazil trojnásobný mistr světa AyrtonSenna do betonové zdi v zatáčce Tamburello. Senna byl na místě mrtev. Při dvou nesouvisejících nehodách bylo během závodu zraněno také několik diváků a mechaniků.
V reakci na smrt Ratzenbergera a Senny byly provedeny změny, které se snažily učinit okruh bezpečnějším. Rychlost v rovinaté zatáčce Tamburello byla snížena. Byla také přeměněna na levopravou zatáčku. Do omezeného prostoru na vnější straně zatáčky byla přidána šotolinová past. Zpomalena byla také zatáčka Villeneuve a přidán byl štěrkový lapač. Aby se zachoval charakter starého okruhu, byla odstraněna pomalá šikana v Acqua Minerale. Mnozí říkají, že nová konfigurace okruhu není tak dobrá jako dříve v důsledku nových šikan v Tamburellu a Villeneuve.
Další úprava se týkala modelu Variante Alta. Variante Alta se nachází na vrcholu kopce vedoucího dolů do Rivazzy. Je to nejtěžší brzdný bod na okruhu. Obrubníky byly velmi vysoké a jezdci do nich často naráželi. To často způsobovalo poškození vozů a někdy vedlo k nehodám. Před Velkou cenou 2006 byly obrubníky sníženy a samotná zatáčka byla zpřísněna, aby se snížila rychlost.
Někteří si stěžovali na špatnou kvalitu zařízení (budov a pracovních prostor) v Imole. Velká cena San Marina byla po roce 2006 vyřazena ze šampionátu Formule 1.