Bas-Rhin je jedním z původních 83 departementů, které vznikly během Francouzské revoluce 4. března 1790. Byl rozdělen na čtyři okresy: Haguenau, Benfeld, Štrasburk a Wissembourg, s hlavním městem Štrasburk. Záhy byl vytvořen okres Sarre-Union a název okresu Benfeld byl změněn na Sélestat (původně Schlestadt).
V roce 1800, kdy byly ve Francii vytvořeny arrondissementy, se pět okresů změnilo na čtyři arrondissementy: Štrasburk, Barr, Saverne a Wissembourg. Podprefektura Barr byla v roce 1806 přesunuta do Schlestadtu (Sélestat).
Departement Bas-Rhin byl zrušen v roce 1871, kdy se území stalo součástí Německa.
V roce 1919, kdy se území stalo součástí Francie, je Bas-Rhin opět departementem s okresy Strasbourg-Ville, Strasbourg-Campagne, Erstein, Haguenau, Molsheim, Saverne, Sélestat a Wissembourg.
V roce 1974 došlo ke sloučení okresů Sélestat a Erstein do okresu Sélestat-Erstein.
V roce 2015 byly zrušeny arrondissementy Strasbourg-Campagne a Wissembourg a jejich území přešlo na zbývající arrondissementy, přičemž jich bylo zachováno pouze 5: Haguenau-Wissembourg, Molsheim, Saverne, Sélestat-Erstein a Štrasburk.