Historie Indonésie, přesněji indonéského souostroví v jihovýchodní Asii se 17 508 ostrovy, sahá až do dob Homo erectus (známého jako "člověk jávský"). Byly zde nalezeny zkamenělé pozůstatky staré asi jeden milion let. Mezi nejznámější archeologická naleziště patří lokality Trinil a Sangiran na jávě, kde byly objeveny fosilie i kamenné nástroje; tyto nálezy ukazují dlouhé osídlení oblasti a vývoj hominidů před příchodem moderního člověka.

Osídlení a příchod Austronésanů

Austronésané, kteří tvoří většinu současné populace, přišli do jihovýchodní Asie z Tchaj-wanu. Do Indonésie dorazili kolem roku 2000 př. n. l. a přinesli s sebou znalosti zemědělství, mořeplavby a výroby keramiky. Původní melanéské národy přebývaly především v některých východních částech souostroví; část z nich se postupně asimilovala, jiná ustoupila na periferie. Zemědělské podmínky, obzvláště pěstování rýže na zavlažovaných terasách, byly pro rozvoj stálých sídel velmi příznivé. Když se již v osmém století př. n. l. rozvinulo pěstování rýže na mokrých polích, vznikaly vesnice a města a v prvním století našeho letopočtu začala vzkvétat malá království. Poloha Indonésie na mořském pobřeží pomáhala při řízení mezinárodního obchodu, kdy již několik století př. n. l. probíhal obchod s oběma indickými královstvími a Čínou. Obchod proto od té doby zásadně formoval indonéské dějiny.

Hinduisticko-buddhistické říše a kulturní rozkvět

Od 7. století n. l. vzkvétalo díky obchodu mocné námořní království Šrívijajá, které mělo centrum na Sumatře a ovládalo obchodní cesty přes Sundský průliv až do Malajsie a Jávského moře. Spolu s ním byl importován hinduismus a buddhismus, vznikaly kláštery, chrámy a bohaté dvory. Na Jávě se vyvinuly významné kulturní a náboženské centrály – památky jako Borobudur (buddhistický komplex z 8.–9. století) a prambananské chrámy dokládají vysokou úroveň umění a architektury.

Koncem 13. století bylo na východní Jávě založeno hinduistické království Majapahit, jehož vliv se za vlády Gajah Mady rozšířil na velkou část Indonésie; toto období je v indonéských dějinách často označováno jako "zlatý věk". Majapahit udržoval složité vazby s ostrovy Malajského souostroví, Borneem, Sumatrou a částmi dnešního Filipínska a měl důležitou roli v rozvoji jazyka, literatury a státních institucí.

Šíření islámu a vznik sultanátů

Během 13. století se islám rozšířil na severní Sumatře a postupně pronikal dále po pobřežích díky obchodníkům z Arabského poloostrova, Persie a jižních Indii. Islám přijímaly především městské obchodnické vrstvy a sultánské dvory; v 15.–16. století vznikaly v oblastech Jávě, Sumatry a Maluk takové islamské sultanáty. Islám se však mísil se stávajícími kulturními a náboženskými vlivy, což vedlo k rozmanitým místním formám islámu, často výrazně synkretických a propojených s místními tradicemi.

Evropské příchody a koloniální řízení

První Evropané dorazili do Indonésie v roce 1512, kdy se portugalští obchodníci pod vedením Francisca Serrana snažili získat monopol na zdroje muškátového oříšku, hřebíčku a pepře kubeb na Maluku. Následovali nizozemští a britští obchodníci. V roce 1602 založili Nizozemci Nizozemskou východoindickou společnost (VOC) a stali se dominantní evropskou mocností. VOC zakládala pevnosti, monopolizovala obchod s kořením a postupně prosazovala kontrolu nad lokálními vládci.

Po zániku VOC v roce 1799 přešla správa kolonií pod přímou kontrolu nizozemského státu (Nizozemská východní Indie). Nizozemská kontrola se postupně rozšiřovala zejména v 19. století a na počátku 20. století dosáhla téměř dnešních hranic Indonésie prostřednictvím vojenských tažení, smluv a kolonizačních reforem. Koloniální éra přinesla moderní infrastrukturu, školství pro elity i ekonomické proměny, ale i tvrdé vykorisťování, nucené práce a potlačování odporu domorodého obyvatelstva.

2. světová válka, japonská okupace a cesta k nezávislosti

Během druhé světové války ztratili Nizozemci kontrolu, když v letech 1942–1945 Indonésii obsadilo Japonsko. Japonská okupace skončila porážkou Japonska v srpnu 1945 a vytvořila mocenské vakuum. V tomto okamžiku využili indonéští nacionalisté situace: v srpnu 1945 vyhlásil Sukarno, vlivný nacionalistický vůdce, spolu s Mohammadem Hattou nezávislost 17. srpna 1945 a byl jmenován prezidentem. Nizozemsko se pokusilo obnovit kontrolu, což vedlo k ozbrojenému konfliktu známému jako Indonéská národní revoluce (1945–1949). Po diplomatickém a vojenském tlaku Nizozemsko v prosinci 1949 formálně uznalo nezávislost Indonésie (s výjimkou nizozemského území Západní Nová Guinea).

Otázka Západní Nové Guineje (West New Guinea) zůstala sporná; toto území bylo nakonec předáno Indonésii začátkem 60. let po mezinárodním nátlaku a dohodách (přechodná správa OSN a připojení v roce 1963), což vyvolalo dlouhodobé napětí s místními papuaskými obyvateli.

Sukarno, převrat 1965 a éra Suharta

Sukarno první roky po nezávislosti prosazoval koalici různých politických sil. Postupně však jeho styl vlády přešel od parlamentní demokracie k tzv. "vedenému učení" a autoritativnějšímu režimu. V polovině 60. let došlo k dramatickému zlomu: pokus o státní převrat v říjnu 1965 (známý jako 30. září hnutí) byl záminkou pro masové represálie proti údajným příznivcům Komunistické strany Indonésie (PKI). Následovala vlna násilí a represe, při nichž podle odhadů zemřely statisíce až miliony lidí, a Sukarno postupně ztratil kontrolu.

Sukarno však ztratil moc ve prospěch šéfa armády, generála Suharta, který byl v březnu 1968 formálně jmenován prezidentem. Byl podporován vládou USA a dalšími západními státy; jeho režim (tzv. Nový řád) upřednostňoval stabilitu, přímé zahraniční investice a tržní hospodářství, což napomohlo hospodářskému růstu během následujících třiceti let. Jeho vláda však byla provázena korupcí, klientelismem, potlačováním politické opozice a porušováním lidských práv.

Krize, reformy a současné výzvy

V letech 1997 a 1998 byla Indonésie nejvíce postižena asijskou finanční krizí. To zvýšilo nespokojenost obyvatelstva s Novým řádem a vedlo k masovým lidovým protestům. Suharto 21. května 1998 odstoupil a začala éra reformy známá jako Reformasi. V roce 1999 si Východní Timor (Východní Timor) po pětadvacetileté vojenské okupaci odhlasoval odchod z Indonésie v referendu; následné násilí vedlo k zásahu mezinárodních jednotek a pozdější nezávislosti Východního Timoru v roce 2002. Po Suhartově odstoupení se demokracie v Indonésii zlepšila: byl zaveden program regionální autonomie, proběhly volby a v roce 2004 se konaly první přímé prezidentské volby.

Rok 2005 přinesl politické řešení dlouhotrvajícího ozbrojeného separatistického konfliktu v Acehu (Helsinská dohoda z roku 2005), která poskytla provincii značnou autonomii, možnost místního ozbrojeného složení a širší samosprávu. Přesto přetrvávají výzvy: korupce, etnické a náboženské napětí, nerovnoměrný ekonomický rozvoj, environmentální problémy a časté přírodní katastrofy (včetně zemětřesení a sopečných erupcí) ovlivňují stabilitu a život obyvatel.

Současnost

V 21. století se Indonésie stala největší muslimskou zemí světa podle počtu obyvatel a hraje důležitou roli v regionální i mezinárodní politice (ASEAN, G20). Země dosahuje stabilního ekonomického růstu, rozvíjí průmysl, služby a těžbu surovin, zároveň ale bojuje s chudobou a nerovnostmi. Politický systém zůstal demokratický s pravidelnými volbami, ačkoliv problémy s transparentností, soudnictvím a ochranou menšin přetrvávají. Historie Indonésie tak představuje průřez bohatou směsicí kulturních vlivů, silné tradice mořeplavectví a neustálého zápasu mezi místními zájmy, koloniální minulostí a moderními výzvami.