Sancho VI. zdědil oslabené království, které bylo předmětem častých nájezdů Kastilského království Alfonse VII. a Barcelonského hrabství Ramona Berenguera IV., rovněž aragonského krále, který se v roce 1140 dohodl na rozdělení království ve smlouvě z Carriónu.
Snažil se opravit hranice svého království, které se zmenšilo na základě Tudejénské a Carriónské smlouvy, jež byl nucen podepsat s Kastilií a Aragonskem na počátku své vlády. Dohodou ze Sorie bylo nakonec potvrzeno vlastnictví dobytých území Kastílií. Tváří v tvář možnému kastilskému vojenskému převzetí dalších západních navarrských území Sancho VI. znovu upevnil královskou moc založením několika měst v roce 1181, mimo jiné San Sebastiánu, Vitorie a Trevína.
Byl nepřátelsky naladěn vůči barcelonskému hraběti Raymondu Berengarovi IV., ale Raymondův syn, aragonský král Alfons II., se s ním v roce 1168 smlouvou v Sangüese rozdělil o země odebrané Murcii. V roce 1190 oba sousedé opět podepsali v Borje smlouvu o vzájemné ochraně proti kastilské expanzi.
Zemřel 27. června 1194 v Pamploně, kde je také pohřben.
