Principy návrhu, které Tanenbaum použil v systému MINIX, ovlivnily rozhodnutí Linuse Torvaldse při tvorbě jádra Linuxu. Torvalds používal a oceňoval MINIX, ale jeho návrh se od architektury MINIXu významně lišil, zejména použitím monolitického jádra namísto mikrojádra. To Tanenbaum v debatě Tanenbaum-Torvalds slavně odsoudil. (Tanenbaum znovu vysvětlil své důvody pro použití mikrojádra v květnu 2006.)
Linux je kopírován z MINIXu
V květnu 2004 vznesl Kenneth Brown z Institutu Alexise de Tocquevilla v knize Samizdat obvinění, že hlavní části jádra Linuxu byly okopírovány z MINIXu.
Tato obvinění odmítli téměř všichni - zejména Andrew Tanenbaum, který se silně domníval, že se Kenneth Brown velmi mýlí, a na svých osobních internetových stránkách zveřejnil dlouhé vyvrácení.