Účastníkům bylo řečeno, že budou pomáhat při "vzdělávacím experimentu". Účastník hrál roli "učitele", který měl klást otázky "žákovi". Pokaždé, když "žák" odpověděl na otázku špatně nebo neodpověděl, musel učitel stisknout spínač a dát "žákovi" elektrický šok. Napětí se pokaždé zvyšovalo. V původní verzi experimentu byli učitel a žák v oddělených místnostech, ale mohli spolu mluvit přes zeď.
Elektrické šoky byly ve skutečnosti fingované. "Žáci" byli ve skutečnosti herci, kteří bolest pouze předstírali. S přibývajícími "šoky" jejich výkřiky bolesti sílily. Protestovali, bouchali do zdi a přestali odpovídat na otázky. Šoky nakonec dosáhly úrovně, která by byla smrtelná, kdyby byly skutečné. V tu chvíli žák ztichl.
Hodně se toho dělalo proto, aby se pokusné osoby domnívaly, že je to skutečné. Když přišli, bylo jim řečeno, že hercem je jiný dobrovolník a že role "učitele" a "žáka" budou určeny náhodně losováním papírků. Ve skutečnosti bylo na obou lístečcích napsáno "učitel", takže herec předstíral, že vybral "žáka". Přístroj na elektrické šoky vydával bzučivé zvuky a mohl dát skutečný mírný šok o síle 45 voltů. Učitel si to před zahájením experimentu vyzkoušel.
Pokud chtěl pokusný subjekt ("učitel") kdykoli experiment přerušit, měl experimentátor instrukce, co mu má říci. Tyto pokyny se nazývaly "verbální podněty". Podněty, které musel experimentátor použít, byly v tomto pořadí:
- Pokračujte prosím.
- Experiment vyžaduje, abyste pokračovali.
- Je naprosto nezbytné, abyste pokračovali.
- Nemáš jinou možnost, musíš pokračovat.
Experimentátor mohl říci ještě několik dalších věcí. Například pokud se pokusná osoba zeptala, zda se bude učící se osoba vážně zranit, mohl experimentátor říci: "I když mohou být šoky bolestivé, nedojde k trvalému poškození tkání, takže prosím pokračujte."
Pokud si pokusná osoba přála přestat i po použití všech čtyř hlavních podnětů, byl experiment zastaven. V opačném případě byl zastaven poté, co subjekt třikrát po sobě dostal maximální "450voltový" šok.