V roce 2002 se majitelé klubu rozhodli, že klub přestěhují z Londýna. Nikdo vlastně neví, proč se chtěli přestěhovat. Říkali, že v Londýně je příliš mnoho klubů a že na zápasy nechodí dost lidí. To znamenalo, že na vstupném nevybrali dost peněz, aby mohli všechny zaplatit, a proto si nemohli dovolit zůstat. Než se rozhodli přestěhovat do Milton Keynes, podívali se do Cardiffu a Dublinu. Milton Keynes je nové město, které leží 45 mil (tj. 75 km) severně od Londýna. Když řekli, co chtějí udělat, většina jejich fanoušků přestala platit za návštěvu zápasů, což znamenalo, že měli ještě méně peněz, aby mohli všechny zaplatit.
Předtím, než k přesunu došlo, museli získat povolení od Fotbalové asociace (FA). FA je sdružení všech fotbalových klubů v Anglii. Kluby si volí výbor, který rozhoduje o tom, co se bude dít. Většina věcí, o kterých musí rozhodnout, je snadná, ale o této věci nebylo snadné rozhodnout. Nebo možná věděly, o čem mají rozhodnout, ale nechtěly být těmi, kdo o tom rozhoduje. Proto požádali tři chytré muže, aby problém prostudovali a řekli jim, co by bylo nejlepší udělat. Tito tři muži řekli, že by se klub měl nechat přestěhovat.
Některým členům výboru se toto rozhodnutí nelíbilo a snažili se ho zastavit. Majitelé klubu Wimbledon F.C. však prohlásili, že pokud se je někdo pokusí zastavit, nechá o tom rozhodnout soudce (u soudu). Soudní řízení stojí spoustu peněz a ten, kdo prohraje, musí za všechny zaplatit. Ostatní kluby by v takovém případě nesouhlasily s placením, takže FA musela s tímto krokem nesouhlasit.
Pro majitele klubu Wimbledon F.C. však už bylo pozdě, protože jim nezbyly žádné peníze. Půjčili si peníze od banky, aby mohli pokračovat v činnosti, ale banka teď chtěla své peníze zpět. Když nemůžete vrátit, co jste si půjčili, říká se tomu "bankrot", a to se také stalo. Naštěstí (nebo na neštěstí, záleží na úhlu pohledu) je skupina v Milton Keynes, která je chtěla jako první, stále chtěla. Tato skupina tedy část peněz vrátila a v roce 2002 se klub přestěhoval do Milton Keynes. Začali hrát na Národním hokejovém stadionu vedle hlavního nádraží v Milton Keynes a zůstali tam dva roky, dokud nebyl hotový nový stadion (2006).
Mnoha fotbalovým fanouškům v Anglii se nelíbilo, že by se klub mohl přestěhovat. Klub podle nich patří k městu a není to jako obchod s nábytkem, který se v jednom městě zavře a v jiném otevře. Dalším důvodem, proč se jim to nelíbilo, bylo to, že by rádi viděli, aby se jejich vlastní klub dostal do fotbalové ligy. Jediný způsob, jak toho mohou dosáhnout, je vyhrát svou regionální ligu a pak vyhrát Fotbalovou konferenci. Měli tedy pocit, že Milton Keynes "přeskakuje frontu" na vstup do ligy. Kvůli tomu mnoho fanoušků odmítlo navštěvovat ("bojkotovalo") všechny zápasy, které hráli.