Go-Daigo se stal císařem v roce 1318, když mu bylo 30 let. To nebylo v té době obvyklé. Obvykle se císařem stávali malí chlapci. Když se stali dospělými muži, odešli do mužských řeholních komunit, kde sestavili vládu a vládli, i když zůstali v klášteře. Na trůn byl dosazen nový chlapec z císařské rodiny. Tento systém, kdy na veřejnosti trůnil chlapec a "bývalý" císař vládl z kláštera, se nazýval klášterní vláda neboli insei.
Go-Daigo chtěl sám vládnout Japonsku. Vláda bakufu byla slabá, protože nebyla schopna odměnit své válečníky. Když Mongolové zaútočili, bakufu přivedlo armádu a zabránilo jim v invazi. Obvyklým způsobem odměňování válečníků však bylo darovat jim pozemky a poklady poraženého nepřítele. Protože Mongolové byli útočníci, neměli šógunové žádné pozemky, které by mohli dát svým bojovníkům. To způsobilo, že válečníci byli se šóguny nespokojeni. Go-Daigo začal v tichosti shromažďovat armádu, aby porazil bakufu a převzal vládu nad Japonskem, ale byl odhalen. Šógun ho chytil a uvěznil na ostrovech Oki.
Go-Daigovi stoupenci za něj bojovali, když byl na ostrovech Oki. Jeden ze šógunových generálů, Ašikaga Takaudži, změnil stranu. Zvítězila Go-Daigova strana a Go-Daigo vládl. Jeho vláda se nazývá Kemmuova restaurace.
Go-Daigo neudělil Ašikagovi Takaudži vysokou hodnost, pouze hodnost poradce. Neodměnil ani mnoho dalších svých stoupenců. V roce 1335 se Takaudži prohlásil šógunem a povstal. Takaudži se svou armádou dobyl Kjóto a dosadil tam jednoho z Go-Daigových příbuzných za císaře. Go-Daigo utekl z Kjóta a založil dvůr jižně od Nary. Go-Daigoův dvůr vládl pouze v blízkém okolí. Po mnoho let tak existovali dva muži, kteří o sobě tvrdili, že jsou japonským císařem.
