Simon van der Meer byl jedním ze čtyř dětí. Vyrůstal v nizozemském Haagu. Jeho otec byl učitel a matka pocházela z učitelské rodiny. Do školy chodil na městské gymnázium. Maturoval v roce 1943, kdy měla německá armáda pod kontrolou Nizozemsko. V roce 1945 odešel van der Meer na Technickou univerzitu v Delftu. V roce 1952 zde získal titul inženýra. V roce 1956 nastoupil do CERNu, kde zůstal až do svého odchodu do důchodu v roce 1990.
V roce 1966, když van der Meer lyžoval se svými přáteli ve švýcarských horách, se seznámil s Catharinou M. Koopmanovou, která se stala jeho ženou. Narodily se jim dvě děti - Esther (1968) a Mathijs (1970).
Vědecká práce
Po získání titulu inženýra v roce 1952 pracoval Simon van der Meer ve výzkumné laboratoři Philips v Eindhovenu. V té době pracoval především na vysokonapěťových zařízeních a elektronice pro elektronové mikroskopy. V roce 1956 přešel do CERNu, který byl v té době nový. Když v CERNu začínal, zabýval se hlavně technickým návrhem a napájecími zdroji. Během práce v CERNu přišel s myšlenkou stochastického chlazení, které vedlo k objevu W a Z bosonů. Za práci na tomto projektu získali van der Meer a Carlo Rubbia v roce 1984 Nobelovu cenu za fyziku.