Stejně jako všechna východní koření byl pepř v minulosti jak kořením, tak lékem. Dlouhý pepř, který byl silnější, byl často preferovaným lékem, ale používalo se obojí.
Zrna černého pepře jsou zmiňována v indické ájurvédě, siddha a unani medicíně. Syrská kniha léků z 5. století předepisuje pepř (nebo snad dlouhý pepř) na nemoci, jako je zácpa, průjem, bolesti uší, gangréna, srdeční choroby, kýla, chrapot, špatné trávení, bodnutí hmyzem, nespavost, bolesti kloubů, problémy s játry, plicní choroby, abscesy v ústech, spáleniny od slunce, zubní kaz a bolesti zubů. Různé prameny od 5. století uvádějí, že pepř je vhodný také k léčbě očních problémů. Často se musí speciální masti vyrobené z pepře aplikovat přímo na oko. V současné době neexistují žádné lékařské důkazy o tom, že by některá z těchto léčebných metod měla nějaký přínos; pepř aplikovaný přímo na oko by byl značně nepříjemný a možná i škodlivý.
Dlouho se věřilo, že pepř je příčinou kýchání, což platí dodnes. Některé prameny uvádějí, že piperin dráždí nosní dírky, což způsobí kýchání; některé tvrdí, že jde pouze o účinek jemného prachu v mletém pepři, a některé tvrdí, že pepř ve skutečnosti vůbec není příliš účinným původcem kýchání. Kontrolovaných studií, které by na tuto otázku odpověděly, bylo provedeno jen málo, pokud vůbec nějaké.
Pepř může dráždit střeva. Proto se vyřazuje z jídelníčku pacientů po operaci břicha a vředů. Náhradou bývá tzv. nijaká dieta.
Pepř obsahuje malé množství safrolu, karcinogenní sloučeniny.
