V červnu 1993 byl Ellis u Nejvyššího soudu shledán vinným v 16 případech sexuálních trestných činů, kterých se dopustil na dětech svěřených do jeho péče v Christchurch Civic Creche, a odsouzen k deseti letům odnětí svobody. Jeho odsouzení bylo kritizováno, přičemž obavy se soustředily na způsob, jakým byly získány výpovědi dětí a předloženy porotě.
Mnoho lidí věří v Ellisovu nevinu a mnoho Novozélanďanů podpořilo jeho výzvy ke zrušení rozsudku.
V roce 1994 odvolací soud zrušil rozsudek ve třech případech, ale trest ponechal v platnosti. V říjnu 1999 odvolací soud zrušil jeho odsouzení a trest podruhé. Ellis se během pobytu ve vězení odmítl účastnit jednání komise pro podmíněné propuštění, protože by se musel k trestným činům přiznat, aby mohl argumentovat pro předčasné propuštění. Propuštěn byl v únoru 2000 po sedmi letech strávených ve vězení.
Ellis pokračoval v kampani za očištění svého jména. V roce 2019 se obrátil na Nejvyšší soud, aby mu vymazal odsouzení z minulosti.
Případ Ellis byl jedním z mnoha známých případů zneužívání dětí po celém světě v 80. a počátkem 90. let. Byl zmiňován jako důvod poklesu počtu učitelů-mužů na novozélandských školách.