Jim Hawkins (Joseph Gordon-Levitt) jako malý chlapec vyrůstá v příbězích o legendárním pirátském kapitánu Flintovi. O dvanáct let později z něj vyrostl svéhlavý, vzpurný teenager; jeho otec je mimo hru a matka Sarah (Laurie Metclafe) je v koncích. Jim neochotně vypomáhá matce v hostinci Benbow Inn a zábavu nachází ve "slunečním surfování" (obdoba windsurfingu a sky surfingu), což je koníček, který ho často dostává do problémů.
Jednoho dne nedaleko hostince ztroskotá vesmírná loď a pilot Billy Bones (Patrick McGoohan) je těžce zraněn. Než svým zraněním podlehne, dá Jimovi kouli a varuje ho, aby si "dal pozor na kyborga". Poté na hostinec zaútočí banda pirátů a srovná ho se zemí, protože Jim, Sarah a jejich psí přítel Dr. Delbert Doppler (David Hyde Pierce), utečou. Jim se uchýlí do Delbertovy pracovny a zjistí, že koule je mapa k legendární Planetě pokladů.
Doppler pověří loď RLS Legacy, aby pátrala po planetě pokladů. Kapitánem lodi je kočičí, volnomyšlenkářská kapitánka Amelia (Emma Thompsonová) a pan Šíp s kamennou kůží (Roscoe Lee Browne); posádku tajně vede napůl robotický kuchař Dlouhý John Silver (Brian Murray), o němž Jim tuší, že je to kyborg, před nímž ho varoval Kůstek. Jim je poslán pracovat do kuchyňky, kde na něj dohlíží Silver a jeho mimozemský mazlíček Morph, který mění podobu. Přestože Jim Silverovi nedůvěřuje, vytvoří se mezi nimi křehký vztah otce a syna.
Během cesty se loď setká se supernovou. Zatímco Jim zajišťuje záchranná lana, zachrání Silver právě včas. Supernova se pak zvrhne v černou díru a pan Arrow padá do propasti. Zatímco Amelie truchlí nad Arrowem, má podezření, že Jim nezajistil jeho záchranné lano, i když ho ve skutečnosti přerušil proradný krabí pirát Scroop (Michael Wincott).
Když se loď blíží k Planetě pokladů, Jim odposlouchává posádku a zjistí, že sledují Silvera, což vede ke vzpouře. Jim, Doppler, Amelie a Morph uniknou, ale mapa zůstane na místě. Silver v domnění, že mapu má Jim, se ho chystá zabít, ale zaváhá; Amélie je nakonec zraněna, když jsou uprchlíci při útěku sestřeleni.
Zatímco Jim prozkoumává džungli Planety pokladů, skupina narazí na excentrického robota B.E.N. (Martin Short), který ztratil svou primární paměť a pozve je do svého domu, kde se ukrývají, a kde je skupina obklíčena piráty; pomocí zadních dveří se Jim, B.E.N. a Morph vracejí na loď ve snaze získat mapu. Scroop na ně zaútočí, ale nakonec spadne do propasti. Skupina mapu získá, ale nakonec je při návratu chytí Silver (který zajal Dopplera a Amelii).
Silver přinutí Jima, aby použil mapu, která dokáže otevřít portál na libovolné místo ve vesmíru, a Jim si uvědomí, že právě tak Flint prováděl své nájezdy. Portál na Planetu pokladů je otevřen a skupina zjistí, že planeta je obří vesmírná stanice, kterou Flint obsadil, aby na ní mohl skladovat svou kořist. Když se piráti připravují na vyzvednutí kořisti, Jim najde Flintovu kostru, která drží chybějící část kognitivního počítače B.E.N.. Po jeho opětovném vložení si B.E.N. okamžitě vzpomene, že Flint planetu připravil tak, aby po objevení pokladu explodovala. Když se planeta rozpadá, Silver se v zoufalé snaze neodejít s prázdnýma rukama pokusí uniknout na lodi naložené pokladem, ale obětuje poklad, aby zachránil Jima. Přeživší uniknou na loď, která je však poškozena a není schopna včas opustit planetu. Jim sestaví plachetnici poháněnou raketou a jede před lodí k portálu. Na poslední chvíli Jim nastaví portál na kosmodrom Montressor a spolu s posádkou odstraňuje zkázu.
Jim zjistí, že Silver utekl do podpalubí. Jim dovolí Silverovi odejít a Silver mu dá morf a také mu poskytne část pokladu, který zachránil před zničením planety, aby mu pomohl obnovit Benbow Inn; když Silver odchází, řekne Jimovi, že "bude chřestit hvězdami". Amelie nabídne Jimovi doporučení na Mezihvězdnou akademii, načež se vrátí na kosmodrom, aby se znovu setkal se svou matkou. O něco později se v přestavěném hostinci koná oslava; Doppler a Amélie se vezmou a mají děti a Jim se stane vojenským kadetem. Během oslavy Jim spatří v oblacích obraz Silvera, který se hrdě usmívá.
![[icon]](https://www.alegsaonline.com/image/20px-Wiki_letter_w_cropped.svg.png){kind=small}